داستان فیلم بر محور گروهی از دانشمندان میچرخد که در درازگودال ماریانا گونههای جدیدی را کشف میکنند، که بوسیلهٔ پرده حرارتی سولفید هیدروژن پوشیده شدهاست. در بین این موجودات، گونهای از یک کوسه غول پیکر به نام مگالودون وجود دارد، موجودی که میلیون ها سال تصور میشد منقرض شدهاست. جوناس تیلور (جیسون استاتهام) کاپیتان نیروی دریایی برای کمک به ایستگاه تحقیقاتی فراخوانده میشود، اما خیلی زود هیولا فرار میکند و در مسیرش همه چیز را نابود میکند، و به این ترتیب یک مسابقه با زمان برای متوقف کردن آن آغاز میشود.
توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانهای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شبها هکری تحت عنوان نئو است. پس از مدتی او با یک هکر افسانهای بنام مورفیوس آشنا می شود ، مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند ، یک سرزمین بایر و ویران ، جایی که ذهن اکثر انسانها توسط گونهای از ماشینها ، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید در دنیای ماشینها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند ، ابر برنامههای قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام کسانی که مثل او هستند را نابود کنند و…