انیماتریکس در واقع مجموعه 9 انیمیشن کوتاه است که همه آنها ارتباط تنگاتنگی با دنیای ماتریکس دارند. در این مجموعه با خواستگاه بسیاری از کاراکترهای فیلم ماتریکس، چگونگی پیدایش خود ماتریکس و البته یکسری کاراکترهای جدید از دنیای ماتریکس آشنا میشوید.
جان ماتریکس، رئیس سابق یک گروه عملیات مخفی ارتش امریکا، بازنشسته شده و میخواهد زندگی آرامی را دور از شهر بگذراند. اما «ژنرال کربی»، رئیس سابقش، به او خبر میدهد که کسی در حال کشتن اعضای گروه او است، و بعدتر دخترش، «جنی» نیز ربوده میشود...
توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانهای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شبها هکری تحت عنوان نئو است. پس از مدتی او با یک هکر افسانهای بنام مورفیوس آشنا می شود ، مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند ، یک سرزمین بایر و ویران ، جایی که ذهن اکثر انسانها توسط گونهای از ماشینها ، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید در دنیای ماشینها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند ، ابر برنامههای قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام کسانی که مثل او هستند را نابود کنند و…
رستاخیزها به 20 سال پس از رویدادهای انقلابهای ماتریکس میرود و زندگی بهظاهر عادی نئو با بازی کیانو ریوز به عنوان توماس ای. اندرسون در سان فرانسیسکو را به تصویر میکشد، جایی که یک تراپیست برای او قرصهای آبی تجویز کرده است. نئو و ترینیتی با بازی کری-آن ماس یکدیگر را نمیشناسند اما مورفیوس با بازی یحیی عبدالمتین دوم قرص قرمز را به نئو پیشنهاد میکند و گشوده شدن درهای ذهنش را به دنیای ماتریکس.